Het orgel van Warffum is in 1812 gebouwd door Heinrich Hermann Freytag. Het is het laatste instrument van de hand van deze orgelmaker, Freytag overleed tijdens de bouw. Het instrument werd voltooid door de meesterknecht van Freytag, Johannes Wilhelmus Timpe. In 1895 werkte de firma Van Oeckelen & Zonen aan het orgel waarbij op het bovenwerk de Nasard 2 2/3, de Woudfluit 2 en de Vox Humana werden vervangen door een Violoncel een Clarinet en een Viola da Gamba. In 1932 realiseerde de firma Spiering een zelfstandig pneumatisch pedaal met een Subbas, een Octaafbas, een Gedektbas en een Bazuin. In 1987 vond een eerste grootschalige restauratie plaats door de firma Reil uit Heerde. In 2023 heeft deze firma het tweede deel van de restauratie voltooid. De oorspronkelijke dispositie is hierbij hersteld. Het pneumatische pedaal uit 1932 is gehandhaafd.
Dispositie:
| Hoofdwerk: (C-f3) | Bovenwerk: (C-f3) | Pedaal: (C-d1) |
| Bourdon 16′ | Roerfluit 8′ | Subbas 16′ – 1932 |
| Prestant 8′ | Fluit Travers 8′ (D) | Octaafbas 8′ – 1932/2023 |
| Holpijp 8′ | Prestant 4′ | Bazuin 16′ – 1932/1895/2023 |
| Baarpijp 8′ | Fluit 4′ | Trompet 4′ – 1895 |
| Octaaf 4′ | Carillon III sterk (D) | |
| Speelfluit 4′ | Nasard 3′ – 2023 | |
| Quintfluit 3′ | Woudfluit 2′ – 2023 | |
| Octaaf 2′ | Vox Humana 8′ – 2023 | |
| Mixtuur III-V sterk (B/D) | ||
| Cornet IV sterk (D) | ||
| Trompet 8′ – 2023 | ||
| Dulciaan 8′ |
Nevenregisters:
Manuaalkoppel Bas/Discant
Tremulant hele werk (opliggend) 1812
Tremulant Bovenwerk (inliggend) 2023
Pedaalkoppel
Stemming Young 1800
Vulstemmen:
Mixtuur III-V sterk (hoofdwerk)
C: 1 3/5′ – 1 1/3′ – 1′
c°: 2′ – 1 3/5′ – 1 1/3′ – 1′
c’: 2 2/3′ – 2′ – 1 3/5′ – 1 1/3′ – 1 1/3′
c”: 4′ – 3 1/5′ – 2 2/3′ – 2′ – 2′
Cornet IV sterk discant (hoofdwerk)
c’: 8′ – 4′ – 2 2/3′ – 1 3/5′.
Carillon III sterk discant (bovenwerk)
c’: 4′ – 1 3/5′ – 1′